یک بخش از فعالیت‌های مرکز تحقیقات بهره‌برداری از دانش سلامت معطوف به ارزیابی علم و فناوری در نظام سلامت می‌باشد. در این مورد پروژه‌هایی انجام شده و یا در حال انجام می‌باشد. مطالعه مروری منظم در مورد روش‌های ارزیابی اثرات اقتصادی تحقیقات سلامت آغاز راه بود. به دنبال آن طرح "تبیین شاخص‌ها، شاخص‌های ترکیبی و طراحی الگوی تحلیلی و تلفیقی ممیزی توسعه علوم بخش سلامت در ایران" و ممیزی علوم سلامت از طریق انجمن‌های تخصصی در ایران توسط این مرکز انجام شد.

طرح‌های زیر در همین راستا می‌باشند:

1.  بررسی رابطه وضعیت نظام پژوهشی کشورها و تغییرات شاخص مرگ و میر کودکان زیر 5 سال
2. بررسی روند تغییرات انواع پژوهش‌های انجام شده در زمینه عدالت در دسترسی به خدمات سلامتی در 44 کشور با درامد کم و متوسط دارای برنامه‌ی کاربردی کردن دانش
3. بررسی ارتباط مقالات بیماری‌های 44 کشور متوسط و کم درآمد با اولویت بار بیماری‌ها در دو مقطع زمانی به فاصله 10 سال
4. ارزیابی پتانسیل تحقیقات علوم سلامت بر ارتقاء سلامت از نظر نوع مطالعات انجام شده در ایران
5. ارزیابی تاثیرات پژوهش‌های انجام شده در دانشگاه علوم پزشکی تهران با استفاده از چهارچوب‌های payback که برون داده‌های تحقیقات بخش سلامت را در پنج حیطه تولید علم، ظرفیت سازی، اثر بر تصمیم‌گیری، اثر بر سلامت و اثر بر اقتصاد و اجتماع مطالعه می‌نماید.